Taman Nasional Bunaken merupakan salah satu Kawasan Pelestarian Alam yang dikelola berdasarkan sistem zonasi. Luas Taman Nasional Bunaken adalah 73.000 ha.
Kawasan Taman Nasional Bunaken terbagi menjadi 2 wilayah, yaitu :
1. Bagian Utara
– Kecamatan Bunaken yang terdiri dari Kelurahan Molas, Kelurahan Meras, Kelurahan Tongkaina Pulau Bunaken, Pulau Siladen dan Pulau Manado Tua
– Kabupaten Minahasa Utara yang terdiri dari Kecamatan Wori: Desa Tiwoho, Pulau Nain dan Pulau Mantehage
2. Bagian Selatan
– Kabupaten Minahasa yang terdiri dari Kecamatan Tombariri: Desa Poopoh, Desa Teling, Desa Kumu dan Desa Pinasungkulan
– Kabupaten Minahasa Selatan yang terdiri dari Kecamatan Tatepaan: Desa Arakan, Desa Sondaken, Desa Pungkol, Desa Wawontulap dan Desa Popareng
Berdasarkan Sistem Zonasi Taman Nasional Bunaken, Kota Manado, Kabupaten Minahasa, Minahasa Selatan dan Minahasa Utara Provinsi Sulawesi Utara Taman Nasional Bunaken terbagi menjadi 7 Zona, yaitu:
1. Zona Inti seluas + 411,23 Ha
2. Zona Rimba seluas + 1.298,37 Ha
3. Zona Rehabilitas seluas + 52,10 Ha
4. Zona Perlindungan Bahari seluas + 1.160,19 Ha
5. Zona Pemanfaatan seluas + 60.702,34 Ha
6. Zona Tradisional seluas + 10.266,08 Ha
7. Zona Khusus seluas + 93,00 Ha
Aksesbilitas
Untuk masuk ke Pulau di Kawasan Taman Nasional Bunaken dari Pelabuhan Manado sangat terbuka dengan waktu tempuh sebagai berikut:
1. Pusat Kota Manado – Pulau Bunaken sekitar 45 menit
2. Pusat Kota Manado – Pulau Manado Tua anatara 45 – 60 menit
3. Pusat Kota Manado – Pulau Siladen sekitar 45 menit
4. Pusat Kota Manado – Pulau Mantehage sekitar 1 jam 15 menit
5. Pusat Kota Manado – Pulau Nain sekitar 1,5 – 2 jam